A Magyar Kereskedelmi és Iparkamara mellett szervezett Választottbíróság 2010 decemberében közel 3,5 milliárd forint megfizetésére kötelezte a Nitrogénművek Zrt-t egy olyan szerződéses kikötés alapján, amely típusú kikötés más esetben már érvénytelennek bizonyult a Legfelsőbb Bíróság előtt. A Nitrogénművek 2011 májusában teljesítette a kiszabott bírságot, ezzel kifizetve az el nem hozott földgáz árának 75%-át.
A pert a Shell Hungary Zrt. indította, mivel álláspontja szerint a Nitrogénművek majd 3,5 milliárd forintot tartozott fizetni a két cég által kötött földgázszállítási szerződés nem teljesítése miatt. A Nitrogénművek 2008 novemberében pár hónapra leállította termelését, amelynek hátterében az akkoriban hazánkba is betörő és vevőit erősen sújtó pénzügyi világválság állt, majd biztosította szerződéses partnerét (a Shellt), hogy 2009. februárban újraindítja termelését. Ebben az időszakban a Nitrogénművek több földgázszállítóval is szerződéses kapcsolatban állt, ezek közül az E.ON Földgáz Trade Zrt. volt a legjelentősebb szállító, aki vevő központú hozzáállásával lehetővé tette az el nem hozott mennyiség későbbi felhasználását ("make up gáz"). Ez ugyanis egy általánosan elfogadott eljárás az iparágban. Az egyébként azóta is stabil gazdasági és pénzügyi helyzetben lévő Nitrogénművek óvintézkedése épp a cég további zavartalan működését, a munkahelyek megőrzését, illetve a szerződés későbbi teljesítését kívánta biztosítani. A Shell azonban az általa a szerződés részévé tett ún. "take or pay" ("vidd vagy fizess") klauzulára hivatkozva beperelte a Nitrogénműveket 3,5 milliárd forint megfizetése iránt a Választottbíróság előtt.
A Nitrogénművek a Választottbíróság előtt folyamatban volt több perben is rámutatott, hogy a Shell által alkalmazott szerződéses rendelkezés több vonásában is lényegesen eltér a Nyugat-Európában, illetve az USA-ban is alkalmazott és csak elnevezésében azonos rendelkezéstől, az a magyar jogban nem létezik, sőt azzal kifejezetten ellentétes. Indokai között szerepelt többek között az a tény, hogy a Shell-lel kötött szerződés igen rövid időtartamú, és ilyen esetben a take or pay-t még külföldi jogokban sem szokás alkalmazni. (A földgáz iparágban a hosszú távú szerződések gyakori eleme a take or pay kötelezettség. A földgáz kitermelésének magas beruházásigényét és hosszú távú megtérülésének kockázatát hivatott mérsékelni. A szerződés célja, hogy a vevő egy minimum mennyiségű gázt kötelező módon átvegyen a szerződés futamideje alatt, ezzel biztosítva a beruházó (szállító) magas kockázatainak mérséklését. A szerződés céljából adódóan e szerződések átlagos futamideje 10-15 év, de minimum 5 év.)
A perben a Nitrogénművek bemutatta, hogy álláspontja szerint a Legfelsőbb Bíróság gyakorlata alapján az ilyen jellegű rendelkezés érvénytelen, ezért nincs jogalapja a Shell kb. 3,5 milliárdos követelésének. A Nitrogénművek kérte a Bíróságot, hogy tárja fel a Shell valós kárát, hiszen a fel nem használt mennyiséget a Shell behozta az országba és értékesítette (a Nitrogénművek által fizetett és Shellnek átadott szállítói kapacitásokat használva), azaz a megítélt összeg kifizetésével a Shell "kétszer értékesítette" ugyanazon árut.
A Választottbíróság a Nitrogénművek perében olyan 3 tagú tanácsban járt el, amely tanács Shell által jelölt tagja egy másik perben kijelentette, hogy az eljárásban nem tud pártatlanul eljárni a Nitrogénművekkel szemben, ezért ott lemondott a választottbírói tisztségéről, ugyanakkor ezen párhuzamosan indult és lefolytatott perben érdekes módon nem érezte pártatlanságának hiányát. (Ugyanezen bíró pert is indított annak érdekében, hogy tisztségéről az előbbi eljárásban lemondhasson, a 3,,5 milliárdos ügyben azonban erről már megfeledkezett.) Több mint szokatlan az is, hogy a Nitrogénművek-et marasztaló ítéletet meghozó választottbírósági tanács elnökének ügyvédi irodáját pedig több olyan a Shell-lel azonos iparágban tevékenykedő cég is foglalkoztatatta, akik szintén napi jelleggel alkalmazzák a magyar jogban ismeretlen "take or pay"-t.
A Nitrogénművek a választottbírósági eljárásban azt is kifogásolta, hogy a Shell 2008 novemberében minden jogalap nélkül kért kb. 4 millió USD összegű bankgaranciát, majd mikor ezt nem kapta meg felmondta a Nitrogénművekkel kötött szerződést. A Shell az általa felkért Dun & Bradstreet hitelminősítő Nitrogénművekről készített minősítését a Nitrogénművek álláspontja szerint ugyanis félreértelmezte és olyan feltételt szabott, amelyekhez nem volt joga. A Dun & Bradstreet ugyanis írásban kijelentette a Nitrogénműveknek, hogy nem adott őt leminősítő értékelést 2008 novemberében, ebben tehát valótlanságot állított a Shell. A Nitrogénművek szerint a Választottbírósági tanács ezzel még csak nem is foglalkozott, és a bankgaranciát ismételten követelő Shell-levelet pedig egyszerűen félreértelmezte. "A szállítás folytatása a bankgarancia iránti igényünket nem érinti, azt változatlanul fenntartjuk ", írta a Shell, de a Választottbíróság ezt a kijelentést iratellenesen értelmezte. A Nitrogénművek a jogosulatlannak tartott bankgarancia igény elengedésével készen állt megkezdeni a földgázvételezést.
A Nitrogénművek fenti érvei, valamint az általa előadott tények ellenére a Választottbíróság kb. 3,5 milliárd forint megfizetésére kötelezte a magyar céget. Az ítéletet a Nitrogénművek a Fővárosi Törvényszék (anno Fővárosi Bíróság) előtt megtámadta, az állami bíróság azonban részben hatásköri hiányra hivatkozva érdemben meg sem vizsgálta a választottbírósági ítéletet, így nem értékelte, hogy a Választottbíróság miért hunyt szemet a Shell által jelölt választottbíró nem titkolt ellenszenvén és a másik bíró érintettségén, és miért nem észlelte a Shell által alkalmazott take or pay rendelkezés anomáliáit, és miért tagadta meg a Shell bankgarancia igénye jogellenességének vizsgálatát. Végül a Fővárosi Törvényszék a Nitrogénművek jogorvoslati igényét elutasította.
A Nitrogénművek egy másik, szintén a Választottbíróság előtt indított perében a fenti földgázszállítási szerződéssel összefüggésben, a Shellnek átadott szállítási kapacitások ellenértékét, közel 70 millió forintot, kívánt érvényesíteni a Shell-lel szemben, amiből a Shell egy jelentős összeget el is ismert. A Választottbíróság túlbuzgalmában azonban a Shell kifejezett elismerése ellenére a Nitrogénművek igényét teljes mértékben elutasította, és még a Shell által elismert összeget sem ítélte meg a Nitrogénműveknek.
A Nitrogénművek a Fővárosi Törvényszék ítéletét a Kúria előtt 2011. augusztusában megtámadta. Az ügy azóta is a Kúria előtt van, és noha az ügy tárgyaláson kívül kerül elbírálásra, döntés még nem született. A Nitrogénművek határozott véleménye, hogy a fenti jogi anomáliák nem válhatnak a magyar jogalkalmazás részévé, ezért minden reménye, hogy Magyarország legfelsőbb bírói fóruma, a Kúria végül igazságot szolgáltat, mert különben a magyar jogban bízó és arra támaszkodó hazai fogyasztók szintén a külföldi jogintézmények áldozatává válhatnak. A Kúria döntését a Nitrogénművek nem kívánja befolyásolni, ezért az ügy további érdekes részleteit a Nitrogénművek nem tudja most bemutatni, hanem majd csak a Kúria döntésének meghozatala után. Az mindenesetre kérdésként fogalmazódik meg, hogy el lehet-e adni ma Magyarországon valamit kétszer Választottbírósági hozzájárulással.