Magyar Bálint akkori oktatási miniszter azonban egy évig nem adta meg az engedélyt a működésre, és az állami támogatást is visszatartotta az elkülönítésre hivatkozva.
Az önkormányzat ellen a Mohácsi Erzsébet vezette Esélyt a Hátrányos Helyzetű Gyerekeknek Alapítvány és a Jászsági Roma Polgárjogi Szervezet indított pert. Egymillió forintos bírságot követeltek a jogvédők, a másodfokon eljáró Debreceni ítélőtábla azonban helybenhagyta a Szolnok megyei bíróság tavaly decemberi ítéletét, amely kimondta, hogy az önkormányzat nem különítette el a roma fiatalokat. Mohácsi érve szerint nem a diákok és a szülők szabad választásán alapult az elkülönítés, a romák ugyanis nem tudják kifizetni az alapítványi iskola havi négyezer forintos tandíját. A bíróság szerint azonban nem történt jogellenes elkülönítés, nem lehet ugyanis összehasonlítani egy önkormányzati és egy fizetős alapítványi intézményt. Az utóbbiba ugyanis csak azok a gyerekek járhatnak, akik hajlandóak tandíjat fizetni.
A jászladányi botrány 2002-ben robbant ki, amikor a polgármester javaslatára a helyi önkormányzat bérbe adta egy szülők által létrehozott alapítványnak a helyi általános iskola egyik felét. Oktatási minisztersége idején Magyar Bálint nem adta meg az intézménynek a működéshez szükséges oktatási azonosító számot, és az ezzel együtt járó állami támogatást is visszatartotta, ezért a magániskola egy évre működésképtelenné vált. Az október 13-ai ítéletet követően kártérítési pert indított az iskola a volt oktatási miniszter ellen, és kamatokkal együtt negyvenmillió forintot követelnek.